2016年，为引导地方围绕国家科技发展战略和地方经济社会发展目标，改善科研基础条件，优化科技创新环境，支持基层科技工作，促进科技成果转移转化，提升区域科技创新能力，财政部、科技部共同设立了中央引导地方科技发展专项资金。2016年，云南省共有22个项目获得该专项资金的支持，支持金额共计3000万元。

为加强22个项目绩效目标过程管理，完善预算绩效管理环节，提高中央财政科技经费使用效益，省科技厅于2017年2月19日——3月17日期间对22个项目开展中期检查。检查结果为12个项目年度超额或已完成年度绩效目标，5个项目部分完成且预期能按时完成年度绩效目标，5个项目年度绩效目标完成情况较差。此次检查结果及年度绩效目标完成情况将与以后年度专项资金安排挂钩。

专项预算绩效评价将是一项常态化工作，并作为专项资金安排的依据，确实做到“预算编制有目标、执行过程有监控，预算完成有评价、评价结果有应用”。